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Offre de stage: Identification des paramètres optimaux d’un modèle d’organisation multicellulaire.

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Contexte

Fruit d’une collaboration entre l’Institut Clément Ader (ICA) et l’Institut de Recherche en Santé Digestive (IRSD), le projet MOCCAssIN (Modelisation of epithelio-stromal alterations in colorectal cancer initiation) financé par le plan Cancer 2014-2019, a pour but d’identifier les caractéristiques spécifiques des cellules épithéliales afin d’améliorer les dépistages lors de la phase d’analyse des cultures.

Objectif et travail attendu

Un modèle existant (la bibliothèque tyssue ) permet de décrire l’organisation multicellulaire ainsi que la dynamique d’interaction entre les cellules, de migration et de différenciation des cellules épithéliales. Ce modèle est décrit à l’aide d’un maillage d’éléments finis dont le comportement mécanique dépend de paramètres tels que l’élasticité de la membrane cellulaire ou la contractilité du cytosquelette. Ce jeu de paramètres est identifié via la minimisation d’une fonction d’énergie dépendant de la géométrie du tissu considéré. Un des enjeux du projet MOCCAssIN consiste à :

  • extraire de nouvelles informations géométriques à l’aide de méthodes d’analyse d’image 2D ou 3D.
  • enrichir la fonction coût à l’aide de ces nouvelles données afin de prendre en compte le recalage géométrique de l’organoïde sur les échantillons observés.
  • minimiser la nouvelle fonction coût afin d’obtenir des paramètres optimaux qui permettent à l’organoïde simulé d’évoluer de manière prédictive.

Le stage, situé dans la phase préliminaire du projet, consiste à étudier les différentes informations 2D et 3D qu’il est possible d’extraire (à l’aide de méthode de traitement d’image standard) des données fournies par l’IRSD. Ce projet constitue une pré-étude d’une thèse CIFRE qui poursuivra ce stage et débutera fin 2018.

Profil

Cette offre s’adresse à des étudiants en M2 ou Ecole d’ingénieurs en Mathématiques Appliquées et/ou Mécanique Numérique et/ou Traitement d’Images motivés par la poursuite d’étude en thèse.

Les compétences attendues sont :

  • maîtrise des bases en traitement d’images
  • maîtrise des bases d’optimisation numérique.
  • Notion sur la méthode par Eléments Finis

Le langage de programmation est Python.

  • Laboratoire d’accueil :

    ICA CNRS UMR 5312 / Université Paul Sabatier (poste basé à Toulouse)

  • Durée :

    6 mois à compter du premier trimestre 2018

  • Gratification

    550 € / mois environ

Contact

Merci d’adresser par email 1 CV et 1 LM aux 5 personnes suivantes:

  • Florian BUGARIN — florian.bugarin@univ-tlse3
  • Stephane SEGONDS — stephane.segonds@univ-tlse3.fr
  • Audrey Ferrand — audrey.ferrand@inserm.fr
  • Frederick Barreau — frederick.barreau@inserm.com
  • Guillaume GAY — guillaume@damcb.com